ATP荧光检测仪利用ATP试剂中若干组分如荧光素-荧光素酶等与被测样本反应产生光子，再利用专门研制的荧光检测仪来捕捉和检测发光值，由于被测样本所含细菌等微生物的数量与所含的ATP值、以及ATP值与发光值之间存在一定的函数关系，因此通过检测发光值即能得到被测标本所含细菌等微生物含量。
在使用时，如果用户已有控制点菌落总数标准平板计数标准,可将ATP检测结果与之参照,但请注意ATP是来自于微生物或有机物残留,所以只能说ATP水平与微生物数目有着密切的相关性,ATP检测与平板计数结果间不能完*一一对应，但有密切的相关性，这样就能判断这些地方是否消毒干净，非常方便。
基于萤火虫发光原理，利用“荧光素酶—荧光素体系”快速检测三磷酸腺苷(ATP)。ATP拭子含有可以裂解细胞膜的试剂，能将细胞内ATP释放出来，与试剂中含有的特异性酶发生反应，产生光，再用荧光照度计检测发光值，微生物的数量与发光值成正比，由于所有生物活细胞中含有恒量的ATP，所以ATP含量可以清晰地表明样品中微生物与其他生物残余的多少，用于判断卫生状况。
ATP荧光检测仪的检测作用：
检测的是物体表面的总菌数，可以立即告知物体表面的洁净度状况，可以作为即时预警，弥补传统方法的不足,但又与传统培养法相互补充,根据ATP荧光检测仪检测数据趋势掌控清洗卫生状况，检测的可重复性是衡量其性能的重要指标。
